يقوم كتاب الحقيقة الغائبة على مواجهة قراءات سياسية للتاريخ. يرى فرج فودة أن التاريخ كثيراً ما يُبسَّط أو يُجمَّل أو يُستخدم انتقائياً للدفاع عن ادعاءات سياسية معاصرة. ويدعو الكتاب القارئ إلى النظر خلف الشعارات وفحص الوقائع بالتوثيق والانتباه النقدي.

يناقش الكتاب الحكم والسلطة والصراع والفرق بين المثال والممارسة التاريخية. ونبرته سجالية لأنه يدخل في نقاش عام ساخن، لكن همه الأساسي هو الصدق التاريخي: ماذا يحدث حين يستخدم الناس الماضي كسلاح ويتجاهلون تعقيده؟

يناسب هذا الكتاب القراء المهتمين بالفكر السياسي العربي الحديث والتاريخ والجدالات حول الدين والحياة العامة. وتكمن قوته في إصراره على ألا تختبئ الادعاءات السياسية خلف تاريخ غير مفحوص، وأن تُواجَه الأسئلة الصعبة بالدليل لا بالخوف.